南京中医药大学中医学院的办学历史可以追溯到1954年建校初期创办的有关教研组，后历经南京中医学院中医系、南京中医学院基础部、南京中医药大学基础医学院、南京中医药大学南京中医药大学等不同办学阶段，2023年11月更名为南京中医药大学中医学院。

学院坚持中医基础经典学科发展。现有国家中医药管理局高水平中医药重点学科3个。学院作为重要建设单位之一的中医学科均为全国第四轮学科评估A类学科，也均是江苏高校优势学科建设工程终期验收优秀学科。

学院拥有从本科教育到硕博士研究生教育等各个层次的完整教育体系。设有中医学博士后科研流动站，中医学一级学科博士点以及4个二级学科博士、硕士点。

学院目前教职工有118人，返聘8人，其中专任教师有99人，专任教师队伍的博士学位比例达到98%。师资力量雄厚，名家云集，有孟景春、王灿晖、杨进、吴承玉等全国名老中医药专家传承工作室4个。获全国优秀教师1人、国家教学名师1人、全国中医药高等学校教学名师1人、享受国务院政府特殊津贴专家3人、江苏省高校教学名师2人、江苏省国医名师2人、江苏省名中医5人、江苏省有突出贡献中青年专家3人、江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人6人、江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师5人、江苏省“333”工程第三层次培养对象2人、江苏省“六大人才高峰”资助对象2人，全国老中医药专家学术经验继承工作继承人4人，第五批全国中医临床优秀人才5人。

学院坚持以学生为中心，全面落实立德树人根本任务，面向全校各主干专业开设中医基础与经典课程以及中国医学史、医古文等文史课程。拥有教育部首批课程思政示范课程1门、国家级精品资源共享课2门、国家级一流课程3门、江苏省精品课程4门、省级在线开放课程2门、首批省级一流本科课程4门，是《中医诊断学》《中药学》《临床中药学》《中医临床经典概要》《温病学》《伤寒论选读》《大学语文》《科研思路与方法》等各类规划教材、精编教材的主编单位。中西医基础实验教学中心是江苏省实验教学示范中心。

学院拥有3个国家中医药管理局高水平中医药重点学科（方剂学、伤寒学和温病学），中医热病学省部共建实验室、分子生物学（温病）国家中医药管理局三级实验室、中医经典交叉创新研究中心、经典方剂及类方研究室、肺系病方证研究校级重点实验室、中医脑病基础研究校级重点实验室、中药性效研究校级重点实验室等各级各类科研实验室7个。目前承担厅局级及以上项目81项，其中国家级31项、部省级21项、厅局级29项。

学院在“挑战杯”“创青春”“互联网+”等科技创新大赛中，获国家级金奖1项、银奖2项、铜奖2项，省级银奖3项、铜奖6项。“农民健康百村工程”直接服务群众8万余人次，先后荣获了全国暑期“三下乡”优秀团队、全国学雷锋志愿服务四个100先进典型——最佳志愿服务项目等称号。

学院党组织获全国党建工作样板支部、江苏省首批高校党建工作标杆院系、江苏省高校先进党组织、江苏省“关工委”工作先进集体、校先进党组织等荣誉表彰。多名共产党员获全国高等中医药院校优秀党务工作者、全国高等中医药院校优秀辅导员、江苏省高校优秀共产党员、校优秀共产党员、校优秀党务工作者、党支部书记年度人物等荣誉称号。

学院常年承担境外中医药教学、科研、临床人才培养等任务。